Berawal dari dirintisnya Ambachtschool RC Kweekschool di Muntilan oleh Bruder De Jong dan RFB. Setyadi Setyahardjana pada tanggal 1 Juli 1930. Pada pemerintahan RI jadilah Sekolah Teknik Kanisius 1 jurusan Mesin dan Sekolah Teknik Kanisisus II bagian Bangunan Gedung. Barulah pada tanggal 1 Januari 1972, kedua sekolah ST tersebut diserahterimakan penyelenggaraanya pada yayasan Pangudi Luhur. Dengan demikian menjadi ST Pangudi Luhur I dan ST Pangudi Luhur II.

Karena regulasi yang ada mengharuskan dihapuskannya ST, maka secara berangsur-angsur dan secara bertahap ST Pangudi Luhur I dan II tidak menerima siswa baru unutk kelas I dan sebagai gantinya sejak tahun ajaran 1976 menerima siswa kelas I STM Pangudi Luhur. Babak baru segera dimulai tanggal 24 April 1979 dengan direncanakan proyek pembangunan dan pengembangan STM Pangudi Luhur yang disponsori oleh Misereor di Aechen Jrman Barat. Sehingga pada tanggal 2 Maret 1982 proyek tersebut dapat diresmikan penggunaannya. Dengan tergabungnya SMK Pangudi Luhur Muntilan dengan program kerjasama Indonesia – German Institut (IGI) di bawah IGI Center dalam bidang desain furnitur dan produksi. PIKA Semarang pada tahun 2003 untuk mengembangkan dan meningkatkan kualitas pendidikan serta pelatihan industri di daerah guna memberikan kesempatan kepada kelompok masyarakat miskin serta mendukung kemajuan industri lokal.

SMK Pangudi Luhur Muntilan menggunakan sistem kontrol SPMI (Sistem Penjamin Mutu Internal ) dan
memiliki 4 Jurusan yakni :